Las Investiduras de Nuevos Doctores tienen lugar por la festividad de Santo Tomás y se celebró por vez primera en 2006, año en que deja de formar parte del acto de Apertura de Curso. Desde entonces, pasó a tener un protocolo propio, conforme a la tradición.
Es un acto solemne restringido a la comunidad universitaria en el que el Rector o la Rectora de la Universidad de Málaga, que preside el acto, va imponiendo birretes a los nuevos doctores en presencia del Vicerrector con competencias en la materia. Al finalizar la imposición de birretes, uno de los nuevos doctores prestará juramento en nombre de sus compañeros. Al final, se interpreta el Gaudeamus Igitur.